A machine learning-powered CRISPR gRNA design tool for bacterial genomes

Job name *

Paste your DNA sequence * *Sequence in FASTA format. Use example

PAM site * SpCas9 (NGG) *The choosing of PAM depends on the Cas9 used in your research. For example, SpCas9 recognize only NGG sequence.

Target genome of interest * Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2  Acinobacter baumannii str. ACICU  Aeromonas hydrophila str. ML09-119  Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila str. ATCC 7966  Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida str. A449  Aeromonas veronii str. B565  Anaplasma centrale str. Israel  Anaplasma marginale str. Florida  Anaplasma phagocytophilum str. HZ  Bacillus anthracis str. Ames  Bacillus bacilliformis str. KC583  Bacillus cereus str. ATCC 14579  Bacillus clausii str. KSM-K16  Bacillus halodurans str. C-125  Bacillus henselae str. Houston-1  Bacillus quintana str. Toulouse  Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacillus tribocorum str. CIP 105476  Bacillus weihenstephanensis str. KBAB4  Bordetella avium str. 197N  Bordetella bronchiseptica str. RB50  Bordetella parapertussis str. 12822  Bordetella pertussis str. Tohama I  Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I  Brucella canis str. ATCC 23365 chromosome I  Brucella melitensis biovar Abortus str. 2308 chromosome I  Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromosome I  Brucella melitensis str. ATCC 23457 chromosome I  Brucella ovis str. ATCC 25840 chromosome I  Brucella suis str. 1330 chromosome I  Burkholderia cenocepacia str. J2315 chromosome I  Burkholderia mallei str. ATCC 23344 chromosome I  Burkholderia pseudomallei str. K96243 chromosome I  Burkholderia thailandensis str. E264 chromosome I  Campylobacter fetus subsp. fetus str. 82-40  Campylobacter jejuni str. RM1221  Campylobacter jejuni subsp. jejuni str. 81116  Chlamydia abortus str. S26/3  Chlamydia caviae str. GPIC  Chlamydia felis str. Fe/C-56  Chlamydia muridarum str. Nigg  Chlamydia pneumoniae str. J138  Chlamydia trachomatis str. 434/Bu  Chlamydia trachomatis str. A/HAR-13  Chlamydia trachomatis str. D/UW-3/CX  Chlamydia trachomatis str. L2b/UCH-1/proctitis  Clostridium acetobutylicum str. ATCC 824  Clostridium beijerinckii str. NCIMB 8052  Clostridium botulinum A str. ATCC 3502  Clostridium botulinum A2 str. Kyoto  Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree  Clostridium botulinum B1 str. Okra  Clostridium botulinum E3 str. Alaska E43  Clostridium botulinum F str. Langeland  Clostridium difficile str. 630  Clostridium novyi str. NT  Clostridium perfringens str. ATCC 13124  Clostridium tetani str. E88  Clostridium thermocellum str. ATCC 27405  Corynebacterium diphtheriae str. NCTC 13129  Corynebacterium efficiens str. YS-314  Corynebacterium glutamicum str. ATCC 13032  Corynebacterium jeikeium str. K411  Corynebacterium pseudotuberculosis str. FRC41  Coxiella burnetii str. RSA 493  Enterococcus faecalis str. D32  Enterococcus faecalis str. V583  Enterococcus faecium str. DO  Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050  Escherichia coli O157:H7 str. Sakai  Escherichia coli O25b:H4-ST131 strain:EC958  Escherichia coli O26:H11 str. 11368  Escherichia coli O44:H18 str. 042  Escherichia coli O55:H7 str. RM12579  Escherichia coli O7:K1 str. CE10  Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C  Escherichia coli str. 536  Escherichia coli str. APEC O1  Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655  Escherichia coli str. SMS-3-5  Escherichia coli str. UMNK88  Francisella noatunensis subsp. orientalis str. Toba 04  Francisella tularensis subsp. holarctica str. FSC200  Francisella tularensis subsp. mediasiatica str. FSC147  Francisella tularensis subsp. tularensis str. SCHU S4  Haemophilus ducreyi 35000HP  Haemophilus influenzae Rd KW20  Helicobacter acinonychis str. Sheeba  Helicobacter hepaticus ATCC 51449  Helicobacter mustelae 12198  Helicobacter pylori 26695  Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044  Klebsiella variicola strain 342  Legionella longbeachae NSW150  Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1  Listeria innocua Clip11262  Listeria ivanovii subsp. ivanovii PAM 55  Listeria monocytogenes EGD-e  Listeria monocytogenes serotype 7 str. SLCC2482  Listeria monocytogenes str. 4b F2365  Listeria monocytogenes strain SLCC2372, serotype 1/2c  Listeria monocytogenes strain SLCC2755, serotype 1/2b  Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954  Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334  Mycobacterium abscessus subsp. massiliense str. GO 06  Mycobacterium africanum GM041182  Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis str. k10  Mycobacterium bovis BCG str. Mexico  Mycobacterium canettii CIPT 140060008  Mycobacterium gilvum Spyr1  Mycobacterium indicus pranii MTCC 9506  Mycobacterium tuberculosis H37Rv  Mycobacterium ulcerans Agy99  Mycoplasma agalactiae PG2  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Mycoplasma conjunctivae HRC/581T  Mycoplasma fermentans JER  Mycoplasma gallisepticum str. R(low) Mycoplasma genitalium G37  Mycoplasma hominis ATCC 23114  Mycoplasma hyopneumoniae 232  Mycoplasma mobile 163K  Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1  Mycoplasma penetrans HF-2 DNA  Mycoplasma pneumoniae M129  Mycoplasma pulmonis UAB CTIP  Mycoplasma synoviae 53  Neisseria gonorrhoeae NCCP11945  Neisseria lactamica 020-06  Neisseria meningitidis MC58  Pseudomonas aeruginosa PAO1  Pseudomonas entomophila str. L48  Pseudomonas fluorescens SBW25  Pseudomonas putida KT2440  Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola 1448A  Pseudomonas stutzeri A1501  Rickettsia africae ESF-5  Rickettsia akari str. Hartford  Rickettsia bellii OSU 85-389  Rickettsia canadensis str. McKiel  Rickettsia conorii str. Malish 7  Rickettsia massiliae MTU5  Rickettsia peacockii str. Rustic  Rickettsia prowazekii str. Madrid E  Rickettsia rickettsii str. Iowa  Rickettsia typhi str. Wilmington  Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:--  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. 287/91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi C strain RKS4594  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2  Shigella boydii Sb227  Shigella dysenteriae Sd197  Shigella flexneri 2a str. 2457T  Shigella flexneri 5 str. 8401  Shigella sonnei Ss046  Staphylococcus aureus RF122  Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3  Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Staphylococcus haemolyticus JCSC1435  Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305  Streptococcus agalactiae A909  Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis GGS_124  Streptococcus equi subsp. equi 4047  Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565  Streptococcus gordonii str. Challis substr. CH1  Streptococcus mutans NN2025  Streptococcus pneumoniae R6  Streptococcus pyogenes MGAS5005  Streptococcus sanguinis SK36  Streptococcus suis 05ZYH33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 chromosome I  Vibrio fischeri ES114 chromosome I  Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633  Vibrio vulnificus CMCP6 chromosome I  Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081  Yersinia enterocolitica subsp. palearctica 105.5R® Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  *If there is no match, please select the most closest genome with yours. This is important for genome-wide off-target analysis.